会议主要目的是建立流域水环境综合治理水利工作协调机制，进一步研究明确太湖流域水环境综合治理中水利工作的职责和任务，研究落实有关太湖流域水环境工作进度计划，全面推进太湖流域水环境综合治理水利工作，确保《总体方案》顺利实施完成。

    2007年5月，太湖蓝藻暴发引发无锡市供水危机后，国务院高度重视太湖流域水环境综合治理。根据国务院部署，国家发改委会同江苏、浙江、上海两省一市人民和水利部、建设部、环保部等有关部门组织编制了《太湖流域水环境综合治理总体方案》。2008年4月2日，国务院常务会议审议通过了《总体方案》，5月7日，国务院正式批复了《总体方案》。为加强对太湖流域水环境综合治理工作的组织协调，国务院批复成立了太湖流域水环境综合治理省部际联席会议制度。

    会议对太湖流域水环境综合治理水利工作进行了梳理，原则同意《太湖流域水环境综合治理主要水利职责分工及近期工作安排》，讨论通过《太湖流域水环境综合治理水利工作协调小组会议纪要》，明确了两省一市和太湖流域管理局在水源地保护、引江济太、水体监测、蓝藻打捞合作机制、流域水功能区划、污染物总量控制、底泥疏浚、引排工程、河网整治、太湖管理条例等方面的职责分工和进度安排。

    会议强调要加大推进太湖流域水环境综合治理水利工程的前期工作，以现有规划为基础，从流域层面上统筹考虑各单项工程的功能、任务、定位、布局，统筹处理好提高水环境容量、改善水环境与保障防洪安全与水资源供给之间的关系，各有关单位要狠抓有关水利工程的前期工作。两省一市要切实做好征地、移民等相关工作，力争走马塘拓浚延伸工程、望虞河西岸控制工程、太浦闸除险加固工程、望亭水利枢纽改造工程、新孟河延伸拓浚工程、新沟河延伸拓浚工程、常熟水利枢纽改造工程、太湖流域水资源监控及保护预警系统等项目在完善前期工作的前提下，于今明两年尽早开工建设。

    太湖流域水环境综合治理水利工作协调小组成员、协调小组办公室成员，流域各省市及有关部门的负责人和其他代表共80余人参加会议。