市场经济改革给南水北调工程的经济可行性论证产生了两方面突出的影响：一方面，“福利水”改为“商品水”将使北方地区的水资源有效需求量远低于原来预测的北方地区需水量，由于水价的大幅度上升，我国北方地区的需水量将基本维持在现状用水水平；另一方面，更严格地遵守等价交换的原则和更严格的成本核算的要求，将使南水北调工程的成本比原来估计的明显增大，尤其是工程占地成本和移民成本。如果在较高的供水价格下北方地区不缺水，或者南水北调的供水成本太高而找不到用户，南水北调工程的效益就难以发挥。而且，在近期北方地区的节水肯定优先于南水北调工程，在远期如果海水淡化的成本低于南水北调供水成本，南水北调工程就将面临较大的经济风险。所以，南水北调工程的规划和建设，有必要根据市场经济的新形势，谨慎论证北方地区的需水量和南水北调的供水成本，并比较远期南水北调与海水淡化的优劣。